Les chats domestiques ont des problèmes de santé associés à des déséquilibres (dysbiose) dans la composition des bactéries intestinales (leur microbiome), tels que les maladies inflammatoires de l'intestin, les lymphomes, le diabète, les maladies parodontales et la dermatite atopique. 

Parce que les individus sont uniques, il est difficile d'agréger des données pour trouver des indices sur un microbiome, en raison de cette hétérogénéité. Par conséquent, la simple caractérisation de la composition d'un microbiome sain est à la fois un défi important et une première étape nécessaire pour identifier les déséquilibres associés à différentes maladies. 

Ceci est important non seulement pour élucider les caractéristiques microbiennes des états pathologiques, mais aussi pour comprendre comment la présence et/ou l'abondance de taxons spécifiques peuvent être manipulées pour conduire la composition du microbiome vers un état sain.

Avec tout cela à l'esprit, un groupe de chercheurs de l'Université de Davis (Californie) a présenté dans une étude une base de données taxonomiquement définie des microbiomes fécaux chez les chats domestiques en bonne santé.

« Si nous voulons utiliser les connaissances acquises grâce aux tests de microbiome pour développer de nouveaux diagnostics et thérapies, il est essentiel de développer des ensembles de référence de populations d'individus en bonne santé », défendent-ils.

Pour l'étude, ils ont recueilli 1 859 échantillons d'individus uniques, dont un total de 161 comprenaient ce que les auteurs considèrent comme un ensemble de référence sain. Les exigences étaient : un score d'état corporel compris entre 3 et 6 ou un indice de masse corporelle calculé inférieur ou égal à 50, aucun signe clinique, aucun diagnostic, aucune utilisation d'antibiotiques au cours des 12 derniers mois et un âge compris entre 0,5 et 12 ans. 

Les auteurs ont utilisé cet ensemble de données de référence pour explorer la corrélation entre l'âge, l'alimentation, le milieu de vie et la composition du microbiome fécal et ont identifié 30 genres bactériens majeurs ou de base : Prevotella, Bacteroides, Collinsella, Blautia et Megasphaera étaient les plus abondants, et Bacteroides, Blautia, Lachnoclostridium, Sutterella et Ruminococcus gnavus étaient les plus répandus.

Ce qu'ils ont découvert, c'est que la composition du microbiome fécal variait en fonction du type de régime alimentaire de l'hôte. Ainsi, les chats nourris à base de régime sec avaient un nombre légèrement, mais significativement plus élevé de taxons de base par rapport aux chats non nourris avec ce type de régime.

La précision pour différencier les chats nourris aux aliments secs de ceux qui n'en mangeaient pas par le biais de leur microbiome fécal était de 96 %. « Il est clair qu'il y a quelque chose de fondamentalement différent dans les microbiomes fécaux des chats qui mangent n'importe quel type de nourriture sèche », soulignent-ils.

« Ce n'est pas surprenant, car les aliments secs et humides commerciaux et les régimes à base d'aliments crus contiennent différents ratios de protéines, de glucides et de graisses », déclarent-ils. 

D'autre part, le microbiome de base des chats nourris avec des aliments crus contenait des taxons moins répandus ou abondants que les chats nourris avec des aliments secs.

Le milieu de vie a également eu un effet important sur la composition du microbiome fécal. Ainsi, les chats vivant dans des maisons différaient significativement de ceux vivant dans des refuges et avaient une plus grande partie de leurs microbiomes représentés par des taxons de base.

« Pris ensemble, nos travaux renforcent les conclusions selon lesquelles l'âge, l'alimentation et le milieu de vie sont des facteurs importants à prendre en compte lors de la définition du microbiome de base d'une population », défendent-ils.

En ce sens, ils soutiennent que le microbiome fécal des chats en bonne santé ne se présente pas de manière certaine ou moyenne, mais est représenté par une diversité de compositions qui dépendent des caractéristiques et du mode de vie de l'hôte. « Nos analyses ont permis d'établir les fourchettes attendues pour la structure de ces communautés au sein d'une population de chats en bonne santé », concluent-ils.