De nombreux problèmes de santé de la race sont dus à sa conformation extrême et à sa petite taille. Les affections les plus importantes sont dentaires (parodontite, perte de dents, malocclusion) ; neurologiques (malformation et syringomyélie, hydrocéphalie, épilepsie, syndrome des crampes épileptoïdes canines (CECS); infections cérébrales à médiation immunitaire (méningoencéphalite granulomateuse (GME), méningoencéphalite nécrosante (ENM) et méningite (infection des méninges); luxation de la rotule et maladie de Legg-Perthes); crâniennes (longueur et largeur anormales de la mâchoire, fontanelle ouverte, fente palatine, fente labiale, yeux exorbités, dystocie); oculaires (cataractes, distichiasis et trichiasis caronculaire); cardiaque (persistance du canal artériel et valvule mitrale); et hypoglycémie.

La Nordic Kennel Union a élaboré des instructions spécifiques à la race pour influencer l'élevage de chiens de race plus sains. Des points à risque ont été identifiés, comme la bouche (problèmes comme un museau sous-développé conduisant à la morsure, des dents et des mâchoires défectueuses, ainsi que des canines qui montent jusqu'au toit des gencives), la langue paralysée, les yeux (dépassant et situés dans des orbites peu profondes, ce qui augmente le risque de blessures aux yeux) et la fontanelle ouverte.

Selon la publication, une attention particulière devrait également être accordée à la formation du crâne, des mâchoires et de l'anatomie générale. Au Royaume-Uni, des instructions similaires énumèrent les problèmes suivants : dents incorrectes, mâchoire tordue, dents de chiot retenues, dents mal placées, langue dépassante en raison de dents incorrectes, dents manquantes, morsures incorrectes et museaux excessivement courts.

En tant que très petits chiens, les Chihuahuas sont sujets aux accidents, souvent mortels. La race n'est pas recommandée aux familles avec de jeunes enfants.

Malgré leur petite taille, ou peut-être à cause de cela, les Chihuahuas ont aussi une forte volonté et une attitude de grand chien. En tant que tels, ils ont besoin d’une manipulation et d’une formation appropriées.

Il est recommandé d'être prudent avec les Chihuahuas merle (merle signifie motif de pelage tacheté ou marbré, ce n'est pas une couleur reconnue pour la race), car ils peuvent avoir différents degrés de perte de vision et d'audition. L'accouplement de deux chiens merle est très risqué et doit être évité.