Veel gezondheidsproblemen van het ras zijn te wijten aan zijn extreme bouw en kleine formaat. De belangrijkste aandoeningen zijn tandheelkundig (parodontitis, verlies van tanden, malocclusie); neurologisch (misvorming en syringomyelia, hydrocefalie, epilepsie, epileptoïde krampsyndroom (CECS)); immuungemedieerde herseninfecties (granulomateuze meningoencefalitis (GME), necrotiserende meningoencefalitis (NEM) en meningitis (infectie van de hersenvliezen); patella luxatie en de ziekte van Legg-Perthes); craniaal (abnormale lengte en breedte van de kaak, open fontanel, gespleten gehemelte, gespleten lip, exorbitale ogen, dystocie); oculair (cataract, distichiasis en carunculaire trichiasis); cardiaal (persistentie van de ductus arteriosus en mitralisklep); en hypoglykemie.

De Nordic Kennel Union heeft rasspecifieke instructies ontwikkeld om het fokken van gezondere rashonden te beïnvloeden. Er zijn risicopunten geïdentificeerd, zoals de mond (problemen zoals een onderontwikkelde snuit met beet tot gevolg, defecte tanden en kaken en hoektanden die het tandvlees raken, verlamde tong, ogen (uitpuilend en gelegen in ondiepe kassen, waardoor het risico op oogletsel toeneemt) en een open fontanel.

Volgens de publicatie moet er ook speciale aandacht worden besteed aan de vorming van de schedel, kaken en algemene anatomie. In het Verenigd Koninkrijk noemen soortgelijke instructies de volgende problemen: onjuiste tanden, scheve kaak, vastzittende puppytanden, verkeerd geplaatste tanden, uitstekende tong door onjuiste tanden, ontbrekende tanden, onjuiste beet en een te korte snuit.

Als zeer kleine honden zijn chihuahua's gevoelig voor ongelukken, vaak met dodelijke afloop. Het ras wordt afgeraden voor gezinnen met jonge kinderen.

Ondanks hun kleine formaat, of misschien juist daardoor, hebben chihuahua's ook een sterke wil en een grote hondenmentaliteit. Daarom hebben ze de juiste aanpak en vorming nodig.

Wees voorzichtig met merle chihuahua's (merle betekent gevlekt of gemarmerd vachtpatroon, het is geen erkende kleur voor het ras), want ze kunnen in verschillende mate gezichts- en gehoorverlies hebben. Het koppelen van twee merle honden is erg riskant en moet worden vermeden.